答え
git remote set-url origin https://ユーザ名:アクセストークン@github.com/ユーザ名/リポジトリ名.git/
もしくは
git config credential.helper store
例 ユーザ名が「hoge」、アクセストークンが「ghp_xxxxxxxxxxxxxxx」、リポジトリ名が「myrepo」だった場合
git remote set-url origin https://hoge:ghp_xxxxxxxxxxxxxxx@github.com/hoge/myrepo.git/
※git init後に、一度はgit push成功した後とかのほうが確実ですね。